Pigmenty organiczne i nieorganiczne rozróżnia się na podstawie ich pochodzenia i właściwości chemicznych.
Źródło: Pigmenty organiczne są ekstrahowane lub syntetyzowane ze zwierząt, roślin, minerałów lub sztucznie syntetyzowanych związków organicznych. Pigmenty nieorganiczne są ekstrahowane lub syntetyzowane z rud, minerałów lub syntetycznych związków nieorganicznych.
Właściwości chemiczne: Cząsteczki pigmentów organicznych zbudowane są zazwyczaj ze skomplikowanych struktur zawierających węgiel, a o ich barwie decyduje budowa chemiczna związku organicznego. Cząsteczki pigmentów nieorganicznych składają się zwykle z pierwiastków nieorganicznych, a o ich kolorze decydują właściwości i struktura pierwiastków.
Stabilność: Pigmenty nieorganiczne są na ogół bardziej stabilne niż pigmenty organiczne i bardziej odporne na światło, kwasy, zasady i ciepło. Pigmenty organiczne mogą w pewnych warunkach rozpaść się lub zmienić kolor. Zakres kolorów: Ze względu na różnice w strukturze chemicznej pigmenty organiczne mają zazwyczaj szerszą gamę kolorów, co pozwala na uzyskanie bardziej żywych kolorów. Pigmenty nieorganiczne mają stosunkowo wąską gamę barw. Obszary zastosowania: Pigmenty organiczne nadają się do barwników, farb, tworzyw sztucznych, papieru i innych dziedzin. Pigmenty nieorganiczne są szeroko stosowane w ceramice, szkle, pigmentach, powłokach i innych dziedzinach.

Należy zauważyć, że zarówno pigmenty organiczne, jak i nieorganiczne mają swoje zalety i właściwości, a wybór pigmentu zależy od konkretnych potrzeb zastosowania i pożądanego efektu.